Науково-дослідна діяльність безперервно ведеться на кафедрі з дня її існування.

За час свого існування на кафедрі постійно проводилася науково-дослідна робота, яка отримала високу оцінку фахівців в транспортній галузі.

З 2012 року по 2017 рік при Науково-дослідному інституті фундаментальних і прикладних досліджень співробітниками кафедри, здобувачами, аспірантами, а також студентами велася робота по темі «Удосконалення методології управління портами» ( № держ. реєстрації 0112U004303). Керівник НДР: Зав.каф. «Експлуатація морських портів», к.т.н., доц. Кириллова О.В.

З 2015 року кафедра працює над темою науково-дослідної роботи «Проблеми функціонування і розвитку портів». За результатами роботи над темою опубліковані дві колективні монографії.

Сьогодні на кафедрі «ЕПІТВР» ведеться науково-дослідна робота аспірантів та здобувачів наукового ступеня кандидата наук ( Ph.D).

У 2016-17 навчальному році на кафедрі виконані і успішно захищені в Спеціалізованому вченій раді ОНМУ дисертація на здобуття наукового ступеня доктора технічних наук Е. В. Кириллової «Теоретичні основи управління роботою флоту у транспортно-технологічних системах» і кандидатська дисертація А.О. Мурадьяна «Методичні основи узгодженого управління процесом перевалки вантажів у загальнотранспортних вузлах».