Історія кафедри «Морські і річкові порти, водні шляхи та їх технічна експлуатація» бере початок у 1918 р., коли при будівельному факультеті Одеського політехнічного інституту була заснована кафедра портобудівництва і гідротехнічних споруд. Нею керував відомий фахівець у сфері гідротехнічного будівництва, проф. Б. М. Кандиба.

Під час реорганізації системи вищої освіти у 1930 р. на базі Одеського політехнічного інституту було створено кілька відомчих вищих навчальних закладів, зокрема й Одеський інститут інженерів водного транспорту з гідротехнічним факультетом. Провідну кафедру — водних шляхів і портів — очолив автор низки книг, присвячених морським портам, проф. О. Т. Федоров. Кафедра водних шляхів і портів продовжувала функціонувати у складі експлуатаційного факультету Одеського Водного. У передвоєнні роки нею завідував доц. Н. О. Тарапанов.

У 1945 р. після закінчення Другої Світової війни у складі Одеського інституту інженерів морського флоту був відновлений гідротехнічний факультет, а разом із ним — його провідна кафедра морських портів. Її викладачі спочатку викладали всі дисципліни гідротехнічної спеціальності.

Організатором і першим завідувачем кафедри став проф. Ф. П. Винокуров — знаний фахівець у сфері гідротехнічного будівництва, гідравліки та гідрології моря. Він також приділяв велику увагу навчально-методичному оснащенню, заснував школу нелінійної механіки ґрунтів.

У 1948 р. загальна кафедра морських портів гідротехнічного факультету була розділена на три спеціальні та виокремилася у кафедру за назвою «Водні шляхи й порти». Протягом трьох років її очолював колишній головний інженер ЧорноморНДІпроекту, к. т. н., доц. Р. І. Гінсбарг. У науковому доробку цього вченого було 40 друкованих праць, присвячених будівництву, ремонту й експлуатації гідротехнічних споруд, зокрема й відома книга «Попередження аварій причальних споруд».

З 1951 до 1956 р. завідувачем кафедри працював к. т. н., доц. П. А. Воронов. Цей знаний учений пройшов шлях від інженера до головного інженера Головпівнічморшляху.

Упродовж 1956–1965 рр. кафедрою завідував Р. В. Лубенов. До роботи в ОІІМФі він працював на посаді головного інженера в Одеському порту (1945–1950), де керував відновленням 11 причалів, рейдового молу, хвилелому, багатьох берегових будинків і споруд.

Протягом 1965–1977 рр. посаду завідувача кафедри обіймав д. т. н., проф. Ф. М. Шихієв — відомий вчений у сфері механіки ґрунтів, автор оригінальної праці, присвяченої кінематичній теорії тиску ґрунтів на гнучкі і тверді огородження.

З 1977 до 2000 р. діяльністю кафедри керував д. т. н., проф. П. І. Яковлєв. Знаний фахівець у сфері взаємодії гідротехнічних споруд із ґрунтовим середовищем. Випускник гідротехнічного факультету ОІІМФу, він понад 45 років пропрацював у цьому виші, пройшовши шлях від асистента до професора.

У 1993 р. кафедра отримала нову назву — «Морські і річкові порти, водні шляхи та їх технічна експлуатація». З 2000 р. її очолює д. т. н., проф. М. П. Дубровський.

Структура і динаміка розвитку кафедри визначається вимогами сучасного ринку праці в Україні. Кафедра «Морські і річкові порти, водні шляхи та їх технічна експлуатація» є випускаючою за спеціальностями 192 «Будівництво та цивільна інженерія» та 194 «Гідротехнічне будівництво, водна інженерія та водні технології».

Основними напрямами професійної діяльності кафедри є: навчальна, наукова, методична, організаційна та виховна робота, що здійснюється у процесі викладання навчальних дисциплін, передбачених освітньо-професійними програмами підготовки фахівців відповідних освітньо-кваліфікаційних рівнів, навчальними планами університету та повсякденній діяльності кафедри.

Науково-педагогічний колектив кафедри здійснює викладання прикладних дисциплін в Навчально-науковому морському інженерно-технічному інституті.

З метою проведення наукової роботи з студентами діє науковий студентський гурток по дисциплінам, які викладаються на кафедрі тобто: дослідження проблемних питань у гідротехнічному та цивільному будівництві, шляхом їх обговорення та винесення пропозицій щодо подальшого вдосконалення в зазначених галузях.

Основною формою роботи постійно діючого студентського наукового гуртка «Інноваційні дослідження та розвиток воднотранспортних та гідротехнічних споруд» є проведення круглих столів, засідань та дискусійне обговорення доповідей студентів, написання наукових статей та участь студентів у науково - практичних конференціях та семінарах.

Учасники наукового гуртка також беруть участь у студентській науково – технічній конференції ОНМУ. Студенти приймають участь у студентських конференціях ОНМУ.

Науково-педагогічний склад кафедри приймає активну участь у науково-дослідної роботи кафедри, а також в ініціативних дослідженнях особистих наукових інтересів.

Кафедра має загальновизнаний авторитет у вітчизняній і зарубіжній морській гідротехнічній і будівельній галузі, закладений провідними вченими-гідротехніками, професорами Шихиєвим Ф.М. і Яковлевим П.І. В даний час д.т.н., проф. Дубровський М.П. є зовнішнім експертом Європейської Комісії (з 2016 р.) по воднотранспортним проектам (програма Горизонт 2020) - перший і поки єдиний експерт - представник України в цій загальноєвропейській програмі. Активний розвиток інноваційних технологічних підходів в портовому і морському будівництві (понад 50 патентів і авторських свідоцтв на винаходи, понад 300 наукових публікацій в авторитетних видавництвах) зумовило обрання в 2017 році проф. Дубровського М.П. до Ради Директорів авторитетної міжнародної організації International Press-In Association (штаб-квартира в Токіо).

Кафедра регулярно залучається найбільшими портами України до серйозних науково-технічних досліджень і конструкторсько-технологічним розробкам: виконані роботи по створенню стратегії розвитку Одеського морського торгівельного порту, розроблена стратегія розвитку причального фронту Морського торгівельного порту Южний, проведено консалтинг щодо гідротехнічних об'єктів портів Чорноморськ, Миколаїв та ін. (мається актуальне Визнання Регістру Судноплавства України). Співробітники кафедри є членами Міжнародного та Українського товариства з механіки ґрунтів і геотехніки, беруть участь в розробці сучасної нормативної бази (в даний час - ДБН В.2.1-10-201X «Основи и фундаменти будівель та споруд»); запрошені в редакційні колегії значних зарубіжних і вітчизняних науково-технічних журналів з високим impact-factor.

З 2002 р. і по теперішній час кафедра бере активну участь у важливих міжнародних дослідницьких та наукових проектах як в рамках програм Європейської Комісії, так і по лінії організації Центрально-Європейська Ініціатива (координатор і керівник проектів від України - зав. кафедрою, проф. Дубровський М .П.).

Кафедра «Морські і річкові порти, водні шляхи та їх технічна експлуатація» ОНМУ ефективно співпрацює з низькою наукових, науково-дослідних та виробничих установ. В процесі співпраці розглядається ряд цікавих й актуальних питань, що в першу чергу пов’язані з гідротехнічним, промисловим та цивільним будівництвом, спорудами на континентальному шельфі. Результатом цієї співпраці є наукові роботи, які друкуються в наукових збірках, матеріалах науково-практичних конференцій, тощо.

Науково-педагогічними працівниками кафедри систематично здійснюються заходи організаційного, наукового та навчально-методичного спрямування, щодо покращення та удосконалення міжкафедральних зв’язків як в середині університету, так й зі спорідненими кафедрами інших ВНЗ.

До основних навчальних дисциплін, які викладаються співробітниками кафедри відносяться: «Морські і річкові порти», «Морські канали», «Механіка грунтів, основи і фундаменти», «Техніко-економічні розрахунки в ГТБ», «Надійність та технічна експлуатація гідротехнічних споруд», «Управління водними ресурсами та меліорація», «Високотехнологічні позаберегові споруди», «Теплогазопостачання і вентиляція», «Кошторисна справа у будівництві», «Гідроелектростанції», «Метрологія та стандартизація», «Основи реконструкції будівель і споруд», «Основи наукових досліджень», «Наукові дослідження і експеримент», «Підводні споруди на морському шельфі», «Споруди підводних комунікацій», «Вступ до гідротехнічного будівництва», «Гідротехнічні споруди». Крім того, викладачі читають курси «Облаштування і устаткування портів» для спеціальності 275 Транспортні технології (на морському та річковому транспорті) та «Морські порти» для спеціальності 133 Галузеве машинобудування.

Науковий потенціал кафедри представлений 6 працівниками, 2 з яких захистили дисертаційні дослідження на здобуття наукового ступеня доктора технічних наук (в т.ч. дійсні члени Транспортної академії України, Академії будівництва України, Міжнародної академії наук екології, безпеки людини і природи), 3 - захистили дисертаційні дослідження на здобуття наукового ступеня кандидата технічних наук, 4 співробітника мають вчені звання доцента; в даний час 5 аспірантів і здобувачів кафедри працюють над кандидатськими дисертаціями.